【中国内部审计协会内部审计发展研究中心】
主要职责：“中国内部审计协会内部审计发展研究中心”是中国内部审计协会下属的专门研究机构，它以南京审计学院为依托，是专门研究内部审计理论和实务、内部审计政策和规范的一个学术机构，其职责是跟踪内部审计理论研究前沿，挖掘并推广我国内部审计实务经验，力争建成全国内部审计的科学研究中心、学术交流中心、情报信息中心和咨询服务中心。
负责人：时现
办公地点：浦口校区敏行楼4楼
联系电话：025-58318131
【公共工程审计实验室】
主要职责：“公共工程审计实验室”是江苏省重点实验室，其职责是开展公共工程审计理论与方法、公共工程审计关键技术、公共工程质量测度与审计等领域的研究，为我国公共工程审计实践提供理论支撑和先进技术工具，培养和造就高层次人才，对转轨时期工程审计实践形成理论和方法上的支撑，服务于国家经济建设和审计事业发展。
负责人：时现
办公地点：浦口校区致明楼1楼
联系电话：025-58318512
【现代审计发展研究中心】
主要职责：“现代审计发展研究中心”是江苏省高校人文社科重点研究基地，其职责是联系国内外专家学者，进行国内外学术交流，着重研究现代审计理论、审计技术、审计方法等问题，支持学科建设，推动审计理论的发展，同时为政府、企业发展提供审计咨询服务。
负责人：尹平
办公地点：浦口校区敏知楼4楼
联系电话：025-58318505
【审计文化与教育研究院】
主要职责：开展审计文化和教育研究、审计文化通识教育、审计文物汇集与展示，承载审计文化研究与推广、审计教育传承与引领的功能。
负责人：尹平、陈祖华
办公地点：浦口校区得一楼辅楼2楼
联系电话：025-58318865
【公共管理与绩效评估研究院】
主要职责：主要从事公共管理、公共政策、绩效评估、电子政务与制度创新、公共部门人力资源开发与管理等领域的教学、研究与咨询。
负责人：胡宁生
办公地点：浦口校区敏行楼4楼
联系电话：025-58318157
【国民经济研究所】
主要职责：主要从事国民经济运行相关领域的理论与应用课题的研究、咨询与服务。
负责人：张伦俊
办公地点：浦口校区敏行楼4楼
联系电话：025-58318150
【货币研究所】
主要职责：主要从事货币、货币史、货币文化、货币政策等领域的教学、研究与咨询。
负责人：汪祖杰
办公地点：浦口校区得一楼5楼
联系电话：025-58318537
【高教研究所】
主要职责：借鉴国内外高校的成功经验，研究高等教育的目标、方向，研究学校建设和发展中的重大问题(如体制、学科、专业、课程等），为学校的改革和发展提供决策咨询。
办公地点：浦口校区敏行楼4楼
联系电话：025-58318219
【信息系统审计实验中心】
主要职责：“信息系统审计实验中心”是在“审计信息工程”江苏省重点实验室基础上组建的实验中心，其职责是围绕国家经济建设需求和审计事业发展需要，开展信息系统审计的应用基础研究，重点探索信息系统审计理论、信息安全体系、内部控制审计与信息技术应用、审计软件体系结构与开发、信息系统绩效审计与IT治理、计算机联网审计等问题。
负责人：庄玉良
办公地点：浦口校区竞慧东楼3楼
联系电话：025-58318617
【金融工程研究中心】
主要职责：从事金融工程等领域的理论与应用研究。
负责人：王定成
办公地点：浦口校区竞慧西楼5楼
联系电话：025-58318542
【公共政策研究与分析中心】
主要职责：从事公共政策的理论与实证研究，为各级政府制定公共政策提供专家意见和专业服务，为社会提供公共政策专业教育和职业培训。
负责人：喻一文
办公地点：浦口校区竞慧西楼5楼
联系电话：025-58318569
【中匈学术文化研究中心】
主要职责：中匈学术文化研究中心是南京审计学院与匈牙利佩奇大学（University of Pécs）联合建立的学术研究与交流机构，其主要职责是开展中匈经济社会比较研究，推进文化交流。
负责人：王会金、魏昌东
办公地点：浦口校区竞慧东楼4楼
联系电话：025-58318908